辣椒疫病主要為害葉片、果實和莖，特別是莖基部最易發生。病菌以卵孢子在土壤中或病殘體中越冬，借風、雨、灌水及其他農事活動傳播。發病后可產生新的孢子囊，形成游動孢子進行再侵染。重茬、低洼地、排水不良，氮肥使用偏多、密度過大、植株衰弱均有利于該病的發生和蔓延。
防治方法
（1）實行輪作、結合土壤深翻后噴灑新高脂膜800倍液，適量施用氮肥，改善土壤結構，提高保肥保水性能，促進根系發達，植株健壯。
（2）定植辣椒苗之前和定植當天，分別細致噴灑兩次護樹將軍殺菌消毒，做到凈苗入室，減少病害發生。
（3）結合根外追肥和防治其它病蟲害，在辣椒的開花期、生長期、成熟期及時噴灑辣椒壯蒂靈，提高番茄植株自身的適應性和抗逆性，提高光合效率，促進植株健壯。調控好植株營養生長與生殖生長的關系，促進植株健壯長勢，提高營養水平，增強抗病能力。
（4）全面覆蓋地膜，加強通氣，調節好溫室的溫度與空氣相對濕度，使溫度白天維持在25－30℃，夜晚維持在14－18℃，空氣相對濕度控制在70%以下，以利于番茄正常的生長發育，不利于病害的侵染發展，達到防治病害之目的。
（5）在化學防治上，定植前要搞好土壤消毒，結合翻耕，噴灑新高脂膜800倍液殺滅土壤中殘留病菌。定植后，適時噴灑護樹將軍1000倍液進行保護，防止發病。如果已經開始發病可選用以下藥劑： 70%甲霜靈錳鋅或70%乙磷鋁錳鋅500倍液，25%瑞毒霉600倍+85%乙磷鋁500倍液，75%百菌清800倍液等。以上藥液需交替使用，以便提高藥效，增強植株的抗逆性能，提高防治效果。