危害食藥用菌子實體的主要害蟲是跳蟲，線蟲，菇蛆等。跳蟲、線蟲主要是危害幼小的菇蕾，菇蛆主要危害成熟期的菇體。這些蟲害對食藥用菌生產危害極大，須認真防治。跳蟲又名煙灰蟲，彈尾蟲。危害食藥用菌子實體的主要是菇疣跳蟲和黑角跳蟲。
       菇疣跳蟲，近白色球形，半透明，幼蟲白色，體形與成蟲相似，休眠后蛻皮，色逐漸轉暗，銀灰色，群集時灰黑色，如同煙灰，成蟲形如跳蚤，體長1.2-1.5毫米，有短狀觸須，無翅，有8對足，常在培養料和子實體表面迅速爬行，尾部有彈跳器，通常以彈跳方式活動，跳躍高度可達數10厘米高，體表有油脂，不怕水，畦內灌水時可浮水一層，如同糠麩，隨水流動，在適宜環境中，繁殖速度快，每年可發生6-7代，20-28℃時大量發生。常群集于子實體背面根部和葉片的菌孔內。特別是幼菇期，原基會被蟲體覆蓋，使菇體萎黃，感染細菌腐爛而停止生長。跳蟲是種植環境過于潮濕，衛生條件極差的指示性害蟲。
防治方法如下：
1．種植場地必須選擇衛生、通風，水源條件比較好的地方避開低洼圈廁和垃圾場，減少污染機會。
2．沒有長出子實體之前，可在周邊環境噴灑0.1%的低毒辛硫磷1-2次進行預防。如果發現蟲體后也可用同樣方法進行防治。
（1）線蟲種類較多，常見有血線蟲，菇蛆，節節蟲等。血線蟲，蟲體長3-4厘米，非常纖細，好似血線頭，成群集在菇蕾周圍1-2厘米深的土層內，危害幼小菇蕾，使菇體生長停止萎黃或腐爛。
（2）菇蛆為危害成熟期菇類的主要害蟲。體長寸許，多鉆入菇體內側，使菇體品質嚴重下降，失去商品價值。發生菇蛆，可在菇體根部，葉片之間發現蛛網狀物或蟲蛀孔等。
防治辦法：
1、局部噴灑0.3-0.5%敵百蟲水，周邊噴灑速滅殺酊。
2．綜合防治，清潔周邊環境衛生。保持清潔水源。發現病蟲害及時進行處理，防止傳播